- Instruir la investigación patrimonial correspondiente, una vez la Contraloría de la República formule reparos en las cuentas de los agentes y empleados de manejo o detecte irregularidades que afecten fondos o bienes públicos.
- Practicar las pruebas y diligencias que sean necesarias para comprobar o esclarecer los hechos contenidos en los reparos de las cuentas o en las investigaciones que haya realizado la Contraloría General de la República sobre las irregularidades que perjudiquen fondos o bienes públicos.
- Solicitar a la Contraloría General de la República, cuando sea necesario, la ampliación o la complementación del examen, del informe o de la auditoría que fundamentó los reparos.
- Evaluar informes de auditoría; verificar operaciones aritméticas y corroborar la evaluación y evidencias presentadas, y realizar informe de peritaje, distinguiendo al involucrado y su grado de participación.
- Solicitud de ampliación de informes de auditoría.
- Solicitud de complementación de informes de auditoría.
- Efectuar diligencias judiciales a distintas empresas privadas e instituciones públicas, relacionadas con los reparos efectuados por la Contraloría General de la República.
- Remitir al Tribunal de Cuentas, luego de concluida la investigación patrimonial, el expediente con una vista fiscal en la cual se explique, razonadamente, los motivos de hecho y de derecho que justifiquen la medida procesal que recomiende.
- Ejercer la acusación pública en la etapa plenaria del proceso patrimonial que se surta ante el Tribunal de Cuentas.
- Asegurar que en la investigación se cumpla con la garantía del debido proceso de cuentas.
- Promover las acciones cautelares ante el Tribunal de Cuentas.
- Promover las acciones o los recursos constitucionales o legales que sean procedentes de acuerdo con la ley.
- Dar aviso al Ministerio Público, si no lo ha hecho antes la Contraloría General de la República, de la posible comisión de delitos por el empleado el agente de manejo, cuyas cuentas fueron objeto de reparos por parte de la Contraloría General o por cualquier persona o servidor público en contra de los fondos o bienes públicos.
El tema de la jurisdicción de cuentas empezó a desarrollarse en 1904 a través de la Ley 56 de 25 de mayo.